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在現代細胞培養觀念中，如果細胞工廠培養細胞時混入了對細胞產生有害物質或者影響細胞生長的障礙異物都會被視為污染，我們根據這一觀念就可以將細胞工廠內污染分為（真菌、細菌、病毒和支原體）、化學物質（影響細胞生存、非細胞所需的化學成分）、細胞（非同種的其他細胞）。

那我們清楚了污染的類別就可以針對這些類別做污染途徑細分來更好的預防污染物，特別是微生物常通過下列途徑進入培養體系，造成污染。

空氣：空氣是微生物及塵埃顆粒傳播的主要途徑。空氣流動性大，如果細胞工廠的培養操作場地于外界隔離不嚴格或消毒不充分，外界不潔空氣很容易進入造成污染。因此，細胞工廠不能設在通風場所。無菌操作應在凈化臺內進行，工作時要帶口罩，以免因講話、咳嗽等使外界污染進入操作面，造成污染。

器材：細胞工廠破包之后在外界產生污染，另外需要對培養箱進行定期消毒，防止形成污染

操作：實驗操作無菌觀念不強，技術不熟練，使用污染的細胞工廠，都可以造成污染。培養兩種細胞以上時，操作不規范，交叉使用吸管或培養液等有可能導致細胞交叉污染。

血清：有些血清在生產時就已經被支原體或病毒等污染，變成了細胞工廠污染。

組織樣本：原代培養的污染多數來源于組織樣本；取材時碘酒消毒后脫碘不徹底，可造成碘混入組織，細胞或培養液中，影響細胞工廠內細胞生長。

這就是細胞工廠產生污染的途徑了，我們可以針對以上行為做針對性措施。