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細胞污染是令許多實驗人員非常頭疼的事情，輕則影響細胞生長，嚴重了必須丟棄細胞重新培養，嚴重影響試驗進程。其實，細胞搖瓶培養細胞時，如果注意操作，有些污染是可以避免的。

1.實驗用品防止污染。細胞培養所用試劑、細胞搖瓶、器材的清洗、消毒要徹底，各種溶液滅菌要仔細，并在無菌實驗檢測陰性后才能使用。操作室及剩余的無菌器材要定期清潔、消毒、滅菌。

2.操作過程防止污染。穿著容易起靜電或吸附灰塵的衣物必須更換為白大褂后才能進入細胞間。

3.實驗開始前需要確定戴的手套沒有問題，只要接觸過生物安全柜之外的物品，必須及時對手套進行消毒。

4.進入細胞培養間后關好門，坐下來盡量少走動以免影響生物安全柜的風簾。工作開始前要先用75%酒精棉球擦手和瓶蓋。事先要嚴格檢查所用的器材、溶液和細胞，不要把污染品或未經消毒的物品帶入無菌室內，更不能隨便使用，以免造成大規模污染。

5.細胞操作時動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開瓶口，并將瓶口放在火焰周圍簡單轉動燒灼，注意不要讓火焰把塑料瓶口燒化。

6.實驗操作時生物安全柜的隔板要盡可能放低，盡量減少談話，打噴嚏或咳嗽時絕對不能對著工作區，以免造成不必要的污染。

7.細胞搖瓶瓶蓋應當倒放在遠離自己的地方，以避免瓶蓋被誤操作所污染。

8.不要從敞開的容器口上方經過，以避免衣服上掉落不明物體對細胞的污染。

做到以上這些，可以在很大程度上避免細胞搖瓶內的細胞出現污染。此外，操作時要注意及時更換習慣、移液槍槍頭、移液管等耗材，切勿一根管子做到底，一旦發現接觸了非潔凈或者無法確定潔凈的物品必須直接丟棄。