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酸堿度和溫度是細胞培養過程中兩個重要的條件，對于靈芝的深層發酵培養來說同樣如此。在利用細胞搖瓶進行靈芝的深層發酵培養時，對酸堿度和溫度的要求如下：

一、酸堿度：

1. 靈芝液體深層發酵最適宜的酸堿度為pH4.56，過酸過堿對菌絲生長都不利，pH值過低菌絲粗菌絲短生長慢，pH值過高菌絲細弱菌絲可用率低。

2. 靈芝菌絲在生長過程中會產生酸性物質會使培養基pH下降，當pH降至3.5以下時菌絲就不會生長。菌絲亦會開始自溶菌絲自溶后培養基pH就會上升所以在發酵時若測定結果pH有突然明顯上升趨勢時就可能是菌絲已開始自溶。

3.由于發酵過程中培養基pH值會發生變化所以在發酵時每隔一定時間〈一般為78小時〉就要測pH值，當培養基pH值急劇下降菌絲生長不良時就要用氨水或堿液調節培養pH。

二、溫度：

1.靈芝深層發酵的適宜溫度為25～30℃。發酵時必須給以適當的溫度條件，高于30℃時菌絲生長快，但菌絲得率低，且容易自溶，發酵液的色澤深，高于36℃時，靈芝菌絲停止生長，40℃以上時，菌絲很快死亡。
  2.發酵溫度會對發酵產物積累發生影響，溫度高，菌絲呼吸強度大，營養物質的消耗量多，發酵產物累積少，溫度低，菌絲生長慢，營養物質的消耗少，發酵代謝物多，但溫度低，發酵周期就會延長，成本就會提高。所以發酵時，前期以菌絲生長為主要階段，溫度可控制在27～28℃左右最佳，以后，當到代謝產物累積階段時，培養溫度應降到20℃左右最佳。
綜上所述，利用細胞搖瓶對靈芝進行深層發酵培養時要控制好酸堿度和溫度，這樣才能確保菌絲的生長狀態。